राष्ट्रीय बाल संरक्षण आयोगाने मदरस्यातील शिक्षणांसंदर्भात काही शिफारशी सांगितल्या आहेत. बाल संरक्षण आयोगाच्या अहवालात बऱ्याच ठिकाणी बालकांच्या शिक्षणाच्या अधिकाराबाबत चिंता व्यक्त केलेली दिसते. मदरश्यांतील इस्लामी शिक्षणामुळे या मुलांना औपचारिक, आधुनिक, शिक्षणापासून वंचित राहावं लागत असल्याने त्यांच्या शिक्षणाच्या अधिकारावर आणि सुविधेवर त्वरित पावलं उचलण्यात यावी यासाठी राष्ट्रीय बाल संरक्षण आयोगाचे अध्यक्ष प्रियांक कानुनगो यांनी राज्य आणि केंद्रशासित प्रदेशातील सचिवांना एक पत्र लिहून प्रकरणाची गंभीरता समजावली आहे.