सोविएत महासंघाच्या काळात, अर्मेनियन अधिकाऱ्यांनी काराबाख प्रदेशावर नियंत्रण मिळवण्यासाठी अनेक प्रयत्न केले परंतु त्यांना कधीच मॉस्कोची साथ मिळाली नाही. १९६० पासून अर्मेनियात राष्ट्रवादी विचारसरणी जोर धरू लागली. परंतु मॉस्कोला ह्या संघर्षाची तीव्रता १९८८ साली अर्मेनियन-अझेरी निर्वासितांचे पलायन सुरु झाल्यावर कळली. २० फेब्रुवारी १९८८ला नगोर्नो-काराबाख हा भाग अर्मेनियासोबत जोडला जावा म्हणून आंदोलने सुरु झाली. त्याच महिन्यात सुमगेट ह्या अझरबैजान मधील शहरात एका छोट्याश्या अफवेमुळे दंगली झाल्या. अनेक अर्मेनियन अझरबैजान मधून पळून येऊ लागले. अर्मेनियन जनतेला अझरबैजान मधून हाकलून देण्यासाठी सुरु झालेले कुप्रसिद्ध असे सुमगेटचे हत्याकांड हे ह्याच दरम्यान घडले. २७ फेब्रुवारी १९८८ ला अझेरी लोकांनी गटागटाने अर्मेनियन लोकांवर हल्ले करण्यास सुरवात केली. सैन्य त्याचबरोबर गृह खाते ह्यांना कळवून देखील कम्युनिस्ट अधिकाऱ्यांच्या निष्काळजी धोरणामुळे हे हत्याकांड ३ दिवस सुरु होते. ह्या एका घटनेमुळे अर्मेनियातील अरारत आणि झाँगेझूर ह्या भागांमध्ये अझेरी लोकांविरुद्ध वातावरण पेटले आणि दंगली भडकल्या.
मॉस्कॉतील सुप्रीम सोविएतने निर्णय दिला, नगोर्नो-काराबाखच्या प्रशाकीय कारभारात कोणताही बदल होणार नाही. ह्याउलट मॉस्कोने अझरबैजान आणि अर्मेनियातील महत्वाच्या नेत्यांना पदांवरून काढून टाकले. ह्यामुळे हिंसा काही थांबली नाही दोन्ही देशांमधील निर्वासितांची संख्या दिवसेंदिवस वाढू लागली. अझेरी लोकांच्या मनातील संताप हा फक्त अर्मेनियन लोकांपर्यंत मर्यादित नव्हता, अझरबैजानचा भाग असूनही आपल्या नेत्यांची ह्या भागावर योग्य ती पकड नसल्यामुळे सरकार विरुद्धही त्यांच्या मनात असंतोष खदखदत होता.
१२ जानेवारी १९८९ रोजी सोविएत महासंघाने काराबाखसाठी खास सरकारी प्रशासनाचे नियोजन केले. पण वर्षभरातच नगोर्नो-काराबाखचा प्रदेश पुन्हा अझरबैजानकडे सोपवण्यात आला. सोविएत महासंघाच्या निर्णयाचा निषेध नोंदवण्यासाठी अर्मेनियन सोविएत समितीने नगोर्नो-काराबाख हा अर्मेनियाचा भाग आहे असे जाहीर केले. ह्या घटनेमुळे सोविएत महासंघातील छोट्या प्रजसत्ताकांवर मॉस्कोची पकड ढिली होत आहे हे उघडपणे समोर येऊ लागले. अझरबैजानमध्ये हिंसक निदर्शनांनी पेट घेतला आणि हजारो सोव्हिएत सैनिक बाकू आणि काराबाखकडे रवाना झाले. सोविएत महासंघातून फुटत चाललेल्या इतर देशांकडून प्रोत्साहित होऊन २ सप्टेंबर १९९१ रोजी काराबाख सोविएत समितीने स्वतंत्र होण्याचा निर्णय घेतला. नगोर्नो-काराबाखचे एकीकरण व्हावे म्हणून अर्मेनियामध्ये सुरु असलेल्या आंदोलनांची तीव्रता वाढली आणि परिस्थिती अजूनच चिघळली. डिसेंबरनंतर सोव्हिएत सैन्याने या प्रदेशातून माघार घेतली आणि अझरबैजानने सैनिकी मदत आणि संरक्षक दल नसल्याने प्रदेशावरचे नियंत्रण गमावले.
फेब्रुवारी १९९२ रोजी युद्धाला सुरवात झाली, अझेरी लोकांना अझरबैजान मधील गावांमधून बाहेर काढण्यात आले. खोजले येथे झालेल्या हत्याकांडात १६१ अझेरींनी जीव गमावला. अर्मेनियाने सुशा आणि लाचीन ह्या दोन महत्वाच्या शहरांवर मे १९९२ रोजी ताबा मिळवून अर्मेनियाला नगोर्नो-काराबाखशी जोडणाऱ्या कॉरिडॉरची स्थापना केली. ह्या कॉरिडॉर मुळे अर्मेनिया आणि नगोर्नो-काराबाखचे राजकीय एकीकरण शक्य होऊन दळवळणातील अडचणी दूर झाल्या. अर्मेनियाकडे असलेल्या संरक्षक सैन्यामुळे अझरबैजानमागे पडला. मे १९९४ मध्ये युद्धबंदी करार झाला. परंतु अजूनही सर्रास दोन्ही देशांकडून ह्या कराराचे उल्लंघन केले जाते. दहा लाखाहून अधिक लोक ह्या युद्धामुळे निर्वासित झाले, मृत्युमुखी पडलेल्यांची संख्या अजूनही स्पष्ट झालेली नाही.
सोविएत महासंघातून अर्मेनिया-अझरबैजान हे दोन्ही देश वेगळे झाल्यावर नगोर्नो-काराबाखच्या प्रश्नाने संपूर्ण जगाचे लक्ष वेधले. तुर्की आणि रशिया हे दोन्ही देश मध्यस्थी करण्यासाठी नेहमी पुढे येतात. युनाइटेड नेशन सिक्युरिटी कौन्सीलच्या ओएससीइ मिन्स्क ह्या गटाने १९९२ मध्ये शांतता करार करण्यास दोन्ही देशांना मदत केली. फ्रान्स, रशिया आणि अमेरिकेने ह्या शांतता प्रक्रियेतील सहभाग दर्शवला होता. परंतु ह्या वाटाघाटींमधून योग्य तो तोडगा अजूनही निघू शकला नाही. आज २५ वर्षांनंतरही दंगली, सीसफायरचे उल्लंघन त्याचबरोबर राजकीय अस्थिरता आणि सामाजिक तणाव ह्या समस्यांनी हा प्रदेश ग्रासलेला आहे.
